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关于黑客帝国系列电影的一些疑问
矩阵就是那个虚拟世界，矩阵是一个巨大的网络，连接着无数人的意识，系统分配给他们不同的角色，就象电脑游戏中的角色扮演游戏一样，只是他们没有选择角色的权利和意识。人类通过这种联网的虚拟生活来维持自身的生存需要，但Matrix中的智能程序，也就是先知的角色，发现在系统中有1%的人由于自主意识过强，不能兼容系统分配的角色，如果对他们不进行控制就会导致系统的不稳定，进而导致系统崩溃。因此编写Matrix的智能程序，也就是建筑师就制造了“救世主”，让他有部分自主意识，并成为觉醒人类的领袖，带领他们建造了锡安。 母体不控制是虚拟世界，它是整个机器帝国的总称，是人类取的名字。 而那个机器乌贼帝国是由机器大帝控制。而母体、矩阵都是由那个机器大帝控制。 你如果看过黑客帝国3就知道，在矩阵里，有一个永远不变的定律——平衡。实际上尼奥和史密斯是维持矩阵平衡的两个极端产物，史密斯是尼奥的负影、另一面。电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。 尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。 因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。 其实你看了黑客帝国3就知道，尼奥不是打不过史密斯，他是和机器大帝做了笔交易，让矩阵恢复原装，尼奥牺牲自己，史密斯被消灭，停止战争，换取人类和机器间的和平。因为史密斯若再复制下去，就会使整个系统崩溃，造成整个机器帝国毁灭。但机器会毁灭人类。于是，他就进入矩阵和史密斯打，并故意让史密斯感染，这样两者被同时删除。
黑客帝国中矩阵世界、锡安（尼奥的现实世界）和火车站是否仍是机器制造的矩阵世界，而非现实世界?
火车站确实是矩阵世界，但这个火车站并不是那一派统治人类的机器所制造的。在地球上，机器（或者说控制机器的程序）也分成好几派，其中一派并不喜欢控制人类，也不喜欢人类这个生物，它们只喜欢程序和程序在一起。这个火车站是用来迷惑其它程序的。
至于现实世界，虽然电影中没有明确点出来，但很多人（包括本人）都认为，现实世界只是另一个更大的矩阵世界而已，而这个所谓的“现实世界”究竟是谁制造出来的，谁也不知道。尼奥也许就是因为看透了这个世界的本质，人类和机器都是在一个虚拟世界中，那么人类和机器相互之间的斗殴又有什么意义呢？还不如和平共处更好，反正大家都是虚拟的，不是真的。这也解释了他为什么能够控制现实中的机械乌贼。
《黑客帝国》里，怎样解释Neo可以在现实世界中对抗电子乌贼？
《黑客帝国》里，怎样解释Neo可以在现实世界中对抗电子乌贼？先知和系统设计师都是一伙的，可以说系统的一切都是因果关系而产生的，但是有些不受控制，比如说史密斯，系统本身遇见了史密斯有可能对自己成为威胁，所以在自身系统崩溃以前就设计了先知这个程序以防不测，后来我们都知道了，系统本身是想以毒攻毒，用尼奥去消灭史密斯，所以也能解释得通尼奥为什么在系统里那么厉害，除了自身天赋外，也是系统给他加了很多buff，以至于现实世界中即使尼奥眼睛瞎了也可以感知系统的一切设备。
而这种能力最高权限是可以影响系统本身的，要么怎么弄死史密斯呢？或者说系统本身也默认尼奥或者认识尼奥，是系统本身把章鱼毁掉的，章鱼看到尼奥然后数据传回总部。系统一看，我自己种的杀毒软件，但是章鱼早已被设定为自由攻击人类，这两点有冲突，所以系统没时间修改只能毁掉章鱼。后期我们也知道了，尼奥在现实世界中对系统也是有一定影响力的，这就像今天人和电子设备的交互式体验，而尼奥的权限甚至和系统本身没什么区别，只是没那么全能。
所以尼奥在现实世界中也通过各种设备比如说身上残留的管线，或者周围的无线设备和系统建立连接，而尼奥手一挥灭掉几个章鱼也是合理的解释了。总体来说主要是系统本身的设计让尼奥可以这么做，再者尼奥在各种杀毒软件中脱颖而出天赋异禀主要就是这两个原因。电影黑客帝国三部曲里没有真正真实的世界，只有模拟20世纪末世界的矩阵和模拟21世纪中后期黑暗世界的锡安，矩阵和锡安都是辅助机器智能迭代升级的计算机系统。所谓矩阵觉醒只是一个系统切换的假象，机器城不会让圈养的人类这么容易逃离掌控。
翻译成“22世纪杀人网络”，很有可能是从真正现实的世界来描述这些计算机模拟系统。一切都在设计师的掌控之中，锡安必须存在，因为无法将人类算尽，所以就有余数，锡安就是余数。在史密斯进化出自由意识之前，锡安都随母体重启而毁灭，母体重启后的余数又组成新的锡安。尼奥并不是唯一的救世主，每一次母体重启都会产生一位救世主，不同的是到了尼奥这一次，史密斯进化出自由意识，拥有毁天灭地的能力，设计师无力阻止，所以只能和尼奥达成协议，尼奥去杀死史密斯，设计师把选择权交还给人类。