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的深层含义是什么
首先Matrix中两个最重要人物的关系，先知和建筑师是母体中最重要的两个人，这两个人不但在母体中享有最高的权力，同时还能控制真是世界中的机器人，这里我认为最后和neo对话的人应该就是建筑师在现实世界中的样子，建筑师和先知作为机器人世界最核心核心的程序，因为他们有自己独特的思想，通过他们思想的不断斗争也使得及机器王国能够不断地进化自己，在这一集中这两个关键程序之间的矛盾打倒了最高峰，因此这场战争实质上是这两个人的对话，他们之间的矛盾就在于他们对人类价值的认识，建筑师作为整个母体的主要设计者他意识到人类存在的重要性，他可以利用人来不断的进化自己，帮助自己解决它无法解决的问题，但是与此同时他紧紧是把人类当成他的一种工具，它不希望人类变得更加强大，因此他会定期的毁灭人类的聚居地，以确保机器王国对于人类的优势始终得到延续，也就是说它认为人类应该是作为奴隶存在，他们的价值就是帮助母体变得更加完善，而先知则不同，先知认为人类和机器应该属于两种独立并相互依存的生命形式，任何一方过于强大最终都会导致自身的灭亡，就像生物多样性一样，人类会收到疾病的困扰但是计算机病毒却不可能毁灭人类，如果双方都能理解这种共生关系，那么双方都不可能被毁灭，但是在母体中他的观点得不到建筑师认同，他为了能让建筑师认识到这一点，他破坏了建筑师的这一次更新计划，通过利用史密斯同化自己，让史密斯获得了与建筑师同样级别的权力，建筑师已无法击败史密斯，因此只有通过人来消灭病毒保存母体，其最终结果显然建筑师不情愿的接受了这个事实，放弃了控制人类发展的一贯做法。
关于neo：从这部片子里可以看到机器的智慧已经在某种程度上超越了人类的智慧，也许是因为机器的智慧能够延续上百年而neo当他明白这一切的时候他的生命就走到了终点，片子里neo最多的问题是在于neo怎么能够具备在现实世界中摧毁机器的超能力，这一点我是这样理解的，首先neo并不是一个普通的人，他对自己思想的控制远远超越了其他的人，也就是说我们可以认为neo在某方面是具备超能力的，不是像超人那样的而是可能会有更强的脑电波，在第3集的开始我们看到neo没有插入连线就进入机器最接近真是世界部分的地铁站，而地铁站恰恰是母体把某些程序植入现实世界中的关键部位，因此地铁站可能会具备接收人类脑电波机械系统，而neo毁灭机器章鱼的力量并不是来源于自身，而是来源于先知的力量，很显然先知肯定具备开启机械章鱼自毁系统的权力，同时先知又要帮助neo是其在现实世界中不受伤害，所以neo在现实世界中的超能力仅限于毁灭机器王国的机器人，它甚至不能操作飞船，由于传输流量的限制neo只能在一定时间内毁灭一定数量的机械章鱼，另一个证据就是当neo眼睛瞎了以后他看到的世界是一个更美丽的世界，试想也只有在先知和建筑师的眼中才会把机器城看成最美丽的世界。唯一可悲的是neo始终只是先知和建筑师都争中的一个棋子，虽然他是最关键的棋子。
最后说说史密斯：这是个最为悲剧性的人物，他过早的拥有了它不改拥有的力量，它还没有学会驾驭这种力量他就被终结了，他失败的关键是作为机器他没有搞清楚和人类作战的方式不是在程序中杀死他，而是应该通过更简单的手段利用机械章鱼在现实世界中将他们消灭。
黑客帝国到底说了个什么意思？高手请指教
故事的大概情节就如六楼所言，但是如果第一部几个关键点没搞清楚的话，整个故事确实是很难理解的。我想谈谈我对看黑客三步曲后的认识。
其实整个故事的背景时间是在22世纪，也就是说电影中真正的人类已经是22世纪的了。电影中的“母体”其实就是一个被人开发出来的电脑程序，它能控制大多数人的大脑意识，使人们生活在“母体”这个虚拟的环境中。在虚拟世界中的背景时间恰恰是21世纪左右，电影开始就是在虚拟世界中，所以你会觉得什么警察、老板、公司都和我们现在现实生活中的差不多，像史密斯这种超人似的特工是“母体”程序生成的特殊子程序，其职责是保护主程序不被破坏，后来你看到他死而复生而且能随意复制自己，也就是他这个程序变异成病毒的结果。其实开始身为黑客并在一家电脑公司工作的尼奥也是意识被控制了生活在虚拟世界的人，后来吃了墨菲斯的一颗药丸后（这药丸能使人的意识脱离程序的控制），画面突然变成尼奥躺在液体中身上插满了管子，此时尼奥的意识回到了现实世界22世纪，我们看到他周围上下还有很多和他一样未醒的人其实就是那些被程序控制意识在虚拟世界生活的人。和墨菲斯一起的人都是不被“母体”控制的真正的人，但通过在脑后插入插头就能自由出入虚拟世界，他们的目标就是要解放人类的意识，恢复人类自己的生活。故事的主线就是人类与“母体”的战争，需要说明的是，“母体”只是程序，就像大脑，它支配着机械城中的机器，所以，墨菲斯和尼奥他们既要与乌贼兵打斗，又要进入母体寻找一个多世纪来这场战争的真相。
虽然我只看过一遍，但我觉得自己对这个故事理解地还是比较清楚地，希望对你有所帮助
黑客帝国什么意思？
黑客帝国介绍：
在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。
而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中。
影片评价：
《黑客帝国》是又一套向“人类中心说”说不的电影，谱写了人与机器关系的新篇章，其观念上的冲击力与历史意义甚至要超过机器人三定律。
这是一种释放，是一种能量的转换，影片会点燃你，让你在眼花缭乱中眩晕不已。这很像动画但却立体的电影画面，科幻迷将不想错过影片的每一秒钟。
黑客帝国到底表达了什么意思啊？
要回答这个问题首先要谈论下黑帝的世界观，黑帝的世界观是这样的：正常发展的世界我称之为世界A，在A世界21世纪末的某一天，人类发明了AI（人工智能），并且像大多数科幻片一样，AI拥有了自己的意识，于是，他们开始统治人类，在2299年之前（可能很靠前，也就是说并不靠近2099年）的某一天，人类为了对抗AI，决定放弃机械化，人类制造了一片阴云，遮蔽了太阳，失去了太阳这一主要能源，然而，残余的还能活动的机器人意识到（他们拥有自己的思想）一个问题，那就是人体发电，人体可以代替很多的能源产生大量的能量（ATP），于是，他们囚禁了人类（在第一部里有说明，把人类的胚胎当成庄稼），而少数逃离苦海的人们就组建了地下城市锡兰，与此同时，机械方面的首脑利用庞大的程序创造了一个“母体”，这个世界我们命名为B，但是，问题在于，机械方面并不能完美控制这个母体而他们又不知道（或许知道但是根据后边的剧情发展，认为机械方面不知道更合理），他们只是在里边安装了几个“杀毒程序”（就是特警，带黑墨镜穿西服的人），而最重点的地方也就是很多人都看不懂的地方在于A与B重合了，并不是平行世界，而是真真正正的重合了，就有了未来创造过去的感觉，在影片后期经常会有他们躺在椅子上往头上插管子进入母体的情景，实际上他们进入的是世界B，因为两个世界重合，所以他们也是进入了世界A，并且他们之所以能进到母体（世界A）是因为他们可以在脑袋后边插管子，而出生在锡兰的人（比如坦克和法兰）脑袋上不能插管子，所以他们不能进入母体只能在外边操作换言之那些人之所以能回到世界A，是因为他们本来就属于世界A，从这一点未来人布恩那个回到过去还是很合理的，而关于那些能变脸的特警，由于他们管理的是世界B，并且世界重合，所以他们能通过世界A的人变脸
如果题主问的是故事情节，那就是尼奥身为救世主为人类而战的故事，其实看懂世界观之后故事情节还是很好理解的，如果题主问的是这部电影的主题的话，那就是“为自由而战”