本文目录一览：
名侦探柯南中，黑衣组织的头领是谁？
对黑组织首领身份的猜测，一直集中在旧剧情人物和未出现新人物两点上。《朝日新闻》2006年初的一篇青山刚昌访谈使第一种观点获得了较多支持。目前，就第一种观点，人们普遍认为黑组织首领会出自以下几个人物：
柯南里绝对聪明的人有哪些？黑羽盗一（已失踪）、工藤优作、本堂瑛佑（大智若愚）、黑羽快斗、赤井秀一、阿笠博士、灰原哀、妃英理、gin、贝尔摩德，当然还有服部平次及柯南啦！
这些人里谁绝对不可能？
本堂的父亲被组织杀害，且极不熟知内情，否则不会冒冒失失的跑到医院去找他姐姐，所以本堂被排除。
快斗只是一个高中少年，似乎心理也不阴暗，成立不了那样一个恶贯满盈的组织，排除。
赤井目前生死不明，而生前一直是组织的大敌，组织杀害了他深爱的女友，故排除。
灰原千方百计脱离了杀害她姐姐的组织，还被迫变成小孩子，所以一样排除。
妃英理虽说很聪明，但基本上是被小五郎这个白痴衬出来的，且女人宠爱女人基本上不可能，PASS。
琴和贝尔摩德都是成员，BOSS应该不会自己出马执行任务，贝尔摩德更是将兰视作自己的天使，并存在着叛变组织的倾向，把柯南看作银色**，所以不可能。
那么还剩下谁？
优作和盗一。
下面分别建立他们和贝尔摩德的联系：
————优作是有希子的丈夫，有希子贝尔摩德同门学艺，优作和贝尔摩德熟识也是有可能的。
————在工藤新一纽约事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多教了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙朗（即贝）成功地化妆为警长替有希子解了围。
这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？
这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。
他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。
组织boss的邮箱，和“七个孩子”这首歌有关。其中的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。 而且，有一个细节可以参考。柯南是在“奇异屋宇的大冒险”这一集的开头发现boss邮箱秘密，而在这一集的结尾，怪盗基德意外现身，或许是青山有意埋下的伏笔。
在漫画《魔术快斗》的第一集当中，黑羽快斗在17岁的时候发现了父亲的密室,知道了父亲的秘密.而这里面有一个明显的问题，盗一是被人杀死的，那为什么会有这个密室里面那盒说明自己基德身份的磁带？难道盗一未卜先知，知道自己会被人杀了，所以提前做好准备？
还有就是盗一化身基德的服装也是黑色的，与黑衣组织的统一黑色服装一个颜色！！！
基德所要对抗的那个组织如果和柯南寻找的黑衣组织是同一个。那么问题就再次出现，组织的一贯以心狠手辣著称，可却唯独放过了快斗。本该死了八年的人，再度复活，粉丝把街道都围的水泄不通了，组织居然无动于衷，让人费解。
怪盗基德被称之为“平次时代的亚森罗平”。亚森罗平是莫理斯·卢布朗笔下的侠盗。而在《怪盗亚森罗平》这本书中， 他的父亲泰奥弗拉斯特·罗平并不像儿子想象的那样是个正人君子。
从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。
作为黑羽盗一的朋友的工藤优作，推理能力如此之高。却在盗一死后八年，仍然没有找出盗一死亡的真相，难道另有隐情？
盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样。
不过盗一是另一部漫画中的主要人物，将自己创作的别部漫画中的人物来作为大作《名侦探柯南》中的最终BOSS，总觉得不大合乎常理，不过也不排除“借尸还魂”的可能，众所周知，《魔术快斗》首次刊登是在昭和62年SUNDAY26期上，自那以后在SUNDAY本刊或增刊上时有刊登，是不定期连载作品。直到2009年6月的现在还是未完成作品。且未曾发行过TV动画。正因如此，也可以清楚的看出青山老师的画风变化。而《名侦探柯南》中大量引入怪盗基德，黑羽盗一，中森银三、白马探等角色，似乎有将两部作品同化之嫌，怪盗基德 的生日与青山刚昌的同属一天，更看出青山对《魔术快斗》难以割舍的感情，所以盗一作为最终BOSS可能性最大，尽管这样可能会使纯柯迷们大为不满。
阿笠博士
这是最常见的一个怀疑。人们普遍认为，一个一直“没发明什么有用东西”（工藤新一语）的博士，如何会拥有其实并不少的资产？另外阿笠博士在剧集中也做出了很多很有用的东西，为什么会一直默默无闻？有人认为阿笠博士的身份很值得怀疑，加上柯南和灰原哀出现的巧合，让人怀疑阿笠博士很可能就是“那位先生”。组织boss的邮箱，和“七个孩子”这首歌有关。当柯南说要给boss发信息时，博士很恐惧，这很令人怀疑。
还有在黑暗的冲击里，当柯南说要追踪GIN的时候博士在冷笑。博士为什么会无缘无故冷笑呢？这也是个问题。所以博士的可能性也非常大。
不过剧场版10里博士在**爆炸之前一定要跟孩子们在一起，这点说明他是组织boss可能性很低。
毛利小五郎
也有人相信毛利小五郎才是黑衣组织的首领。一个很好笑的理由是组织的成员代号都是酒名，而毛利大叔很喜欢喝酒……此外毛利大叔有时忽然爆发的推理能力也使人生疑，觉得他一直在装糊涂或者是大智若愚。
其实毛利大叔的嫌疑是最小的。在TV425中，琴酒曾下令枪杀毛利小五郎。见过“那位先生'本人的琴酒，恐怕不会下令杀死组织的首领吧……
工藤优作
新一的父亲也是怀疑对象。他具有超过柯南的推理能力，还有在美国的神秘生活。组织磁盘中存有以他作品主人公相似命名的“暗夜男爵”病毒，还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友。种种迹象表明，工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？另外，灰原哀的那句话，“你（新一）早在半个世纪前就在组织的计划中了”也让人颇费思量。半个世纪前，新一肯定没出生，那就只能证明组织和工藤优作有着某种联系。（半个世纪就是50年，优作才39～45岁，50年前也没有他吧？）唯一的问题是，如果真是这样，为什么gin又要灌他儿子的毒药呢？
值得一提的是，在青山刚昌的短篇作品.《徘徊的红蝴蝶》中，出现了非同寻常的优作：出场时驾着爱车驰骋而来，酷似ＧＩＮ的洒脱的用点烟器点烟的姿势，一身黑色装扮，黑色的帽沿下的遮住额前的头发，头发下那张令人永远捉摸不透的英俊的脸。冷酷的表情，极度冷静，有着冷酷而不失睿智的眼神，右眼闪着光．．．真是神似！至于年龄，难道不可以像苦艾酒那样完美的隐瞒起来吗？重要的是，组织的使命就是研制那种神秘的“长生不老药”。当然，也不排除创作《徘徊的红蝴蝶》时，作者并未想到这样的装扮会被观众怀疑为ＢＯＳＳ的可能，因为那毕竟是早期的短篇。
FBI探员詹姆斯.布莱克
作为赤井秀一和朱蒂的上司，FBI探员詹姆士也有些奇怪的地方。例如在他初登场时，柯南注意到他的名字和莫里亚蒂教授同名而且生于伦敦，同时又来自曾经黑帮横行的芝加哥，而姓氏恰恰是英语的单词“黑”（全名James Black 詹姆士·布莱克）。之后詹姆士也有一些奇怪的行为，使人产生一些联想，但是从詹姆斯对于小时候朱蒂的态度来看，似乎又说不太通，而且后来他被赤井秀一接回车里去的时候也证明了他是FBI，难道黑衣组织老大在FBI，还要指挥FBI打自己的组织吗？
除了这些人之外，以下人物也被怀疑可能是“那位先生”。
远山刑警（远山和叶的爸爸）、Mr正影（案件中提到的失踪名魔术师，可能与盗一有关）、白鸟任三郎、常盘荣策（TV 425 中组织暗杀目标的政敌）、乌丸莲耶或其后人。
在日本拥有很大权利的人
每次黑衣组织犯案，为什么警察不知道或者没有制止呢？这说明在黑衣组织背后拥有很大权利的人。而美国政府或者FBI的人却知道，并且深入内部调查，如果黑衣组织背后的人没有很大权利，美国是不会理睬这件事的。
通常一个组织的首领能被称为什么？？BOSS??老大？？
主席、会长、社长、主任、书记、秘书长、部长、局长、厅长、处长、总理、委员长、主任委员、总裁、校长、院长、站长、科长、课长、董事长、理事长、总监、执行官、大东家、大掌柜、当家的、总舵主、舵主、大横把、扛把子、大哥、帮主、大王、王爷、陛下、皇上、教主、网管、店长、经理、矿主、矿长等等
什么叫黑客？什么红客？它们又什么区别？
黑客一词，最初曾指热心于计算机技术、水平高超的电脑专家，尤其是程序设计人员，逐渐区分为白帽、灰帽、黑帽等，其中黑帽（black hat）实际就是cracker。在媒体报道中，黑客一词常指那些软件骇客（software cracker），而与黑客（黑帽子）相对的则是白帽子。
红客(Honker)是指维护国家利益，不利用网络技术入侵自己国家电脑，而是“维护正义，为自己国家争光的黑客”。“红客”，红客是一种精神，它是一种热爱祖国、坚持正义、开拓进取的精神。所以只要具备这种精神并热爱着计算机技术的都可称为红客。红客通常会利用自己掌握的技术去维护国内网络的安全，并对外来的进攻进行还击。