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女主隐藏身份的动漫
神风怪盗贞德和个人鱼公主，不过估计你也看过了........
未来日记（女主是一周目的神，后来男主才知道的，有部分黑暗）
魂兽（女主是有原女主的灵魂但是一直被男主误会成坏人，后来男主才知道的，有部分血腥）
推理之绊（女主坏的，后来男主发现，有些纠结的）
chaos混沌头（比较猎奇的一部，女主是原男主的朋友，但男主一直误会女主是坏人，后来男主才发现的，有部分血腥和黑暗，男主最后才觉醒最后一集之前一直是废柴）
上面的可能都有些黑暗.......下面的比较好
Angle beats！（女主一直被男主们误会成坏蛋天使，后来男主才发现，强烈推荐！）
赤色的约定（画风很好，女主是吸血鬼，男主后来才知道，后面你懂的- -，还是值得一看的）
增血鬼果林（女主是少见的增血鬼，后来男主知道的，但发现的比较早- -。还行）
迷茫的管家与懦弱的我（女主女扮男装去学校被男主发现的........还可以哦）
........只想到这么多。
求采纳为满意回答。
求推荐漫画，平凡主角隐藏身份或者特殊能力的
嘛，3年前的提问呢，顺手填一下……
《高达00》（男主超强对外隐瞒）
《反叛的鲁路修》（男主真实身份一直隐藏）
《海贼王》（这个也算吧，男主没特意隐藏身份，但别人都不知道他其实家庭背景很强大）
《幻灵地狱》（男主女主都是杀手，中间有一段隐藏身份去上学的经历）
《家庭教师杀手》（虽然男主有点废，但是确实是在学校隐藏黑社会老大的身份了）
《极道鲜师》（女主是黑道大小姐，隐藏身份当老师）
《乱马1/2》（男主遇冷水变女的，遇热水变男的，外人都不知道他俩其实是同一人）
《全金属狂潮》（男主是职业佣兵，为了执行任务隐藏身份去上学）
《头文字D》（勉强算吧，经典的很好看，男主飙车技术一流，平时却平凡到没人想到会是他）
《灼眼的夏娜》这部女主在学校是隐藏身份的，不过实际内容跟学校没什么太大关系，隐藏身份也不是主要的，其实以上也有很多这种的学生兼职救世主的，比如家教之流，演着演着都跑异时空去了，跟学校已经没关系了，所以隐藏不隐藏身份啥的也就变得没意义了……类似这种擦边隐藏的还有很多，但是我自己也觉得这类要求不达标，所以就不多介绍了。
漫画有部很符合的《谜样高中生村雨》
求个动漫，女主好像是个黑客，特别冷门的
《玲音》（serial experiments lain）是由Production 2nd企划，Triangle Staff负责制作的原创实验性动画。1998年7月6日起在东京电视台首播，全13话。
该动画讲述了一个身处日本的14岁女孩岩仓玲音，以及如何受父亲影响，接触，进而发现了“连线”（Wired，一个国际性计算机网络）之中隐藏的巨大秘密，和自己的神秘身世的故事。在北美的制作发行公司为Geneon，在新加坡的制作发行公司为Odex。
网络中的虚拟——《Lain》日本东京电视台于1998年7月6日至9月28日在电视台的深夜时段推出了一部试验型动画《Lain》（玲音）。只有13集的这部动画当时的收视情况不是很理想。人们似乎还没有准备好接受这样“另类”的作品。极强的跳跃性，凌乱插接的场景，晦涩的剧情，压抑的气氛，再加上缓慢的叙事手法，我们似乎只能用类似“无端，茫然，莫测，未知，无律，神秘，……”的词语来形容它。
《Lain》的镜头运用和画面美工都很娴熟，甚至前卫。虽然类似的手法多有借鉴《EVA》的地方，但《Lain》仍然做出了自己的风格，很多地方做得更大胆。似乎制作者们没有考虑观众的感受，而是在极度的自我享受中膨胀！白亮的街道、深蓝的天空、苍白的太阳、黑色的电线，阴影中蠕动着的鲜红色或者暗蓝色的斑点，不断在玲音眼前闪动的亦真亦幻的场景；也许我们更应该闭上眼睛去静静地倾听这部作品。
